インドネシア大使館の商務部認証とは何でしょう。
商務部認証を必要とするときは必ず特別関係証明書の発行が必要な時です。特別関係証明書とはインドネシアに輸出入する時に必要な許可書のようなものです。
特別関係証明書を発行する手続きは領事認証を済ましておく必要がある場合があります。商務部認証を行うためには領事認証がもとになります。そして申出書(application letter)と供述書(statement letter),特別関係の証拠書類、商業登記簿が必要です。なお特別関係証拠書類は

⑴代理店との契約書
⑵サプライヤーとの契約書
⑶融資契約書
⑷インドネシア共和国にある子会社の定款
⑸インドネシア共和国にある子会社の株式保有
のいずれかの準備をお願いします。
この特別関係証拠書類において領事認証と関係があります。
⑴~⑶の書類のいずれかを準備される場合は領事認証が必要となります。⑷~⑸の場合は不要です。なお詳細は同サイトの必要書類にてご確認ください。

文書提出先から特別関係証明書が必要であると申し出されたとき、商務部認証を行うと認識しておくと大丈夫でしょう。